Tuyến đường sắt qua địa phận tỉnh Phú Yên dài 95,25km có 08 ga; 120 điểm giao cắt đồng mức với đường bộ, trong đó số điểm giao cắt hợp pháp là 44 điểm (gồm 43 điểm là đường ngang phòng vệ bằng gác chắn, cảnh báo tự động - cần chắn tự động và 01 điểm là đường ngang phòng vệ bằng biển báo); 76 điểm giao cắt không hợp pháp là các lối đi tự mở băng qua đường sắt cần xóa bỏ nhằm đảm bảo an toàn chạy tàu và an toàn giao thông cho dân cư sinh sống, lao động, sản xuất …. dọc hai bên đường sắt. Để đảm bảo an toàn giao thông đường sắt và thực hiện Đề án đảm bảo trật tự hành lang an toàn giao thông và xử lý dứt điểm lối đi tự mở qua đường sắt được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 358/QĐ-TTg ngày 10/3/2020, Sở Giao thông vận tải đã tham mưu UBND tỉnh ban hành Kế hoạch số 147/KH-UBND về thực hiện Đề án đảm bảo trật tự hành lang an toàn giao thông và xử lý dứt điểm lối đi tự mở qua đường sắt trên địa bàn tỉnh Phú Yên.
Theo Kế hoạch của UBND tỉnh, trong năm 2020: UBND các huyện, thị xã, thành phố có tuyến đường sắt đi qua thực hiện các biện pháp tăng cường bảo đảm an toàn giao thông đường sắt tại các lối đi tự mở; đến hết năm 2025: đầu tư xây dựng hoàn thành đường gom, hàng rào hai bên đường sắt đến hầm chui, đường ngang và kết nối với đường địa phương để xóa bỏ lối đi tự mở băng qua đường sắt.