Mùa mưa bão trên địa bàn tỉnh hàng năm thường xảy ra nhiều đợt mưa lớn, liên tục và kéo dài từ cuối tháng 10 đến tháng 12, gây rất nhiều khó khăn trong việc triển khai thi công các công trình bảo trì đường bộ trên các tuyến đường tỉnh và các tuyến Quốc lộ (19C, 25, 29 địa bàn tỉnh Phú Yên). Nhận định tình hình thời tiết thường có diễn biến phức tạp trong thời gian này nên ngay sau khi kế hoạch bảo trì đường bộ được giao, Sở GTVT đã tập trung chỉ đạo các Phòng, Ban trực thuộc khẩn trương phối hợp tham mưu, tổ chức triển khai đúng, đủ các thủ tục để triển khai thi công công trình đảm bảo tiến độ, chất lượng. Theo đó, đối với Kế hoạch bảo trì đường bộ năm 2020, đến nay phần lớn các công trình đang triển khai thi công đáp ứng tiến độ so với hợp đồng đã ký, trong đó có một số công trình đã hoàn thành vượt tiến độ đề ra; riêng một số công trình vừa được cấp thẩm quyền phê duyệt kế hoạch hoặc bổ sung kế hoạch đang được nhanh chóng triển khai các bước theo đúng trình tự quy định, dự kiến hoàn thành lựa chọn nhà thầu trong khoảng giữa tháng 9, đồng thời sẽ tranh thủ, tập trung nhân lực, máy móc thiết bị để có thể đảm bảo hoàn thành công tác hiện trường xong trước mùa mưa năm 2020.
Ngoài ra, để đảm bảo ATGT, an toàn công trình trong mùa mưa bão, Sở GTVT đã kiện toàn Ban chỉ huy TKCN và PCBL ngành; thành lập đoàn kiểm tra, rà soát từng tuyến đường về công tác chuẩn bị vật tư dự phòng, thiết bị khắc phục sự cố, phương án phân luồng, đảm bảo giao thông khi có tình huống xảy ra. Chỉ đạo Nhà thầu quản lý, bảo dưỡng thường xuyên đường bộ tiến hành phát quang, nạo vét rãnh thoát nước nhằm tránh xảy ra ngập úng cục bộ các đoạn tuyến vào mùa mưa, đồng thời rà soát các vị trí xung yếu có nguy cơ sạt lở cao, ngập lụt và thường xuyên bị hư hỏng, ách tắc giao thông trong mùa mưa bão để có phương án sửa chữa, xử lý kịp thời khi thiên tai xảy ra.