Các cảng hàng hóa hỗ trợ phát triển các Khu công nghiệp và cụm công nghiệp, gồm:

- Cảng biển Vũng Rô: phát trển cảng bến thủy nội địa kết hợp cảng biển. Đến năm 2030 đạt công suất 1.500 ngàn tấn/năm theo quy hoạch nhóm cảng biển số IV được phê duyệt quyết định số 2370/QĐ-BGTVT ngày 29/7/2016 về phê duyệt Quy hoạch chi tiết nhóm cảng biển Nam Trung bộ giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.

- Các Cảng cá: Phú Lạc, Đông Tác, Tiên Châu, Dân Phước: được nâng cấp theo kế hoạch phát triển cảng cá trên địa bàn tỉnh Phú Yên được phê duyệt tại quyết định số 2527/QĐ-UBND ngày 25/12/2017 về việc phê duyệt quy hoạch tổng thể phát triển thủy sản tỉnh Phú Yên đến năm 2025, tầm  nhìn đến năm 2030.

- Cảng Hòa Phú, cảng Hòa Hiệp: Phát triển gắn với Khu công nghiệp Đông Bắc Sông Cầu và khu công nghiệp Hòa Hiệp.

Các bến, cảng thủy nội địa phục vụ vận chuyển hành khách, gồm:

- Khu vực thành phố Tuy Hòa: phát triển 04 bến thủy nội địa, trong đó có 01 bến bến thủy gắn với cảng cá Đông Tác;

- Khu vực thị xã Sông Cầu: phát triển 21 bến thủy nội địa, trong đó có 01 bến thủy nội địa kết hợp với cảng cá Dân Phước, 01 bến kết hợp với cầu cảng Hòa Phú;

- Khu vực thị xã Đông Hòa: phát triển 08 bến thủy nội địa, trong đó có 01 bến kết hợp với cảng biển Vũng Rô, 01 bến kết hợp với cảng cá Phú Lạc;

- Khu vực huyện Tuy An: phát triển 14 bến thủy nội địa, trong đó có 01 bến kết hợp với cảng các Tiên Châu, 01 bến kết hợp bến chợ nổi Phú Sơn;

- Khu vực huyện Phú Hòa: phát triển 04 bến thủy nội địa;

- Khu vực huyện Tây Hòa: phát triển 02 bến thủy nội địa;

- Khu vực huyện Đồng Xuân: phát triển 03 bến thủy nội địa;

- Khu vực huyện Sơn Hòa: phát triển 02 bến thủy nội địa;

- Khu vực huyện Sông Hinh: phát triển 02 bến thủy nội địa.